首先是预防：“总统防治疟疾行动计划”帮助展开室内滞留喷洒以驱除致命蚊虫，分发可避免遭携带疟疾病毒的蚊虫叮咬的药物蚊帐，以及在妇女怀孕期间为她们提供预防医疗服务。其次是治疗：“总统防治疟疾行动计划”提供新型、高效药物，并培训医护人员正确使用這类药物。“总统防治疟疾行动计划”与各国政府及其他捐助方合作，已帮助非洲撒哈拉沙漠以南的15个国家迅速加强這些预防和治疗疟疾的措施。

在非洲以外地区，美国支持展开两项区域性疟疾防治行动，防止多重耐药性疟疾的出现：“亚马逊防治疟疾行动计划”(amazon malaria initiative)在南美洲亚马逊盆地的全部八个国家实施，“湄公防治疟疾项目”(mekong malaria program)在东南亚湄公河三角洲地区的所有五个国家实施。

在计划实施的第三年，美国在非洲采取的疟疾预防和治疗措施使3200多万人受益。2008年，“总统防治疟疾行动计划”采购了640万顶以上的长效蚊帐，免费分发给孕妇和幼童；并采购了总计1560万份治疗疟疾药物。有600万所住房得到室内滞留喷洒，将近2500万有可能感染疟疾的人得到预防。